建立固相萃取方法分为三个步骤：
（a）汇集相关信息；
（b）建立初步的固相萃取方法；
（c）对方法中的参数进行优化；
    海能全自动固相萃取仪AutoSPE控制软件是一个用户界面友好、图示化的中文操作软件，从系统的配置、方法的建立到建立特殊指令都充分考虑用户的需求。软件内设的固相萃取指令包括活化、上样、淋洗、干燥、洗脱，以及实验室常用的液体处理指令，从而使方法的建立和优化更加便捷。
六、固相萃取中常见的问题：
    （1）流速问题：真空、压力、重力等因素都会影响液体通过SPE柱的流速。稳定的流速对于萃取效率十分重要，特别是样品过柱及洗脱步骤。流速过快会降低目标化合物的回收率，尤其是以离子交换为机理的固相萃取。流速过慢会延长分析时间，降低工作效率。
    HanonAUTOSPE采用6个高精密度陶瓷计量泵，正压上样，保证以稳定的流速按照指定的加样量准确送液，确保分析结果的高精度和重复性。
    （2）回收率问题：一般而言，当萃取回收率结果不理想时，应该细致的、系统的进行逐项排除，找出原因，然后对萃取方法进行改进。建立一个稳定可靠的SPE方法。在SPE中，流速可以直接影响*终的结果，因此，控制流速至关重要。
    （3）污染问题：SPE柱产生的污染在很大程度上取决于目标化合物的浓度以及所使用的检测手段。具有质量控制的厂商通常都可以将污染物控制在PPb数量级的范围，低于此数量级的污染物可能存在。如果这些污染物会干扰目标化合物的检测，就应该对SPE柱进行预清洗。